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Nota: usar hotplug y su lista de modulos prohibidos (/etc/hotplug/blacklist) puede parecer más elegante pero en realidad no funciona, al menos que yo sepa.

• En sistemas actuales:

  Crear un archivo en /etc/modprobe.d, en mi caso lo llamaré local-pcspkr (lo de local lo uso para diferenciar los que he ido añadiendo yo de los que instala el sistema), y añadirle una de estas líneas:
    alias pcspkr off
  o
    install pcpskr /bin/true
  por ejemplo: # echo alias pcspkr off >> /etc/modprobe.d/local-pcspkr

• En sistemas más antiguos:

  Añadir una de las lineas a /etc/modprobe.conf, por ejemplo:
  # echo alias pcspkr off >> /etc/modprobe.conf

Fuente: http://www.debianforum.de/forum/viewtopic.php?p=158760